Es un hecho la construcción de una base militar de la Fuerza Aérea Mexicana en la parte sur del Aeropuerto Intercontinental de Querétaro (AIQ), donde comenzaría a operar en los siguientes años. Por otra parte la  Base Aérea de Santa Lucía es una instalación estratégica que debe conservar su uso militar, consideró la Fuerza Aérea Mexicana (FAM), sin embargo, la institución está abierta a realizar cambios en beneficio del país en caso de que se determine modificar la construcción del nuevo aeropuerto.

La Base Aérea militar de Santa Lucía se estableció en 1952 en el lugar que actualmente ocupa, siendo presidente de la República, Miguel Alemán Valdés. En esa ocasión estuvo acompañado por el Coronel Antonio Cárdenas Rodríguez, que es un pionero de la Fuerza Aérea Mexicana.

La base cuenta con diversas instalaciones que albergan unidades militares, tanto de la Fuerza Aérea como del Ejército. Las  unidades propias de la Fuerza Aérea son la comandancia y la Región Aérea del Centro. Ahí operan dos alas, una de reconocimiento y transporte y otra de combate. También cuenta con dos grupos aéreos y diversos escuadrones de vuelo. Entre las instalaciones de unidades del Ejército, se encuentran  un batallón de materiales de guerra, planteles militares y una brigada de Policía Militar. Cuenta con mil 55 habitaciones o casas habitación, departamentos, donde habita personal militar y derechohabientes. También existe el Museo Militar de Aviación y diariamente asiste un gran número de personas que tiene interés en conocer el museo  que presenta como  evolucionado la Fuerza Aérea Mexicana.

La base, es importante porque está en el corazón estratégico del país, y ahí se llevan a cabo el grueso de las operaciones cuando se aplica el Plan DN-III. De ahí es donde sale y donde se controla el grueso de las operaciones que tenemos que hacer en apoyo de toda la población civil. Asimismo, cuando México envía  ayuda humanitaria a otros países, en la Base Aérea número 1 se concentra y de ahí sale la ayuda.

Actualmente hay estudios, que señalan que la base debe continuar abierta, porque está considerado que ahí estaría operando el material de vuelo, de ala rotativa ya que la FAM concentra una importante número helicópteros para las más diversas tareas.

La base militar de la Fuerza Aérea Mexicana en el Aeropuerto Intercontinental de Querétaro comenzaría a operar en los siguientes años. Con una extensión de 66 hectáreas, las instalaciones, proyectadas, contarán con una pista de aterrizaje ajena a la zona comercial, además de contar con áreas de adiestramiento y mantenimiento. El proyecto corre a cargo de la Secretaría de la Defensa Nacional y los gobiernos locales solo proporcionarán los terrenos, donde la base comenzaría a operar conforme se construya el nuevo aeropuerto de la Ciudad de México. El monto inicial de inversión es de 85 millones de pesos (4,7 millones de dólares) que se destinará a la ampliación de la terminal aérea, la compra de reserva territorial y la construcción de una nueva vialidad que permita el acceso a la base militar. Además, se reservarán diez hectáreas adicionales para la construcción de viviendas donde se podrían albergar hasta 10.000 militares.

El Aeropuerto Intercontinental de Querétaro se convirtió en un punto estratégico para la Fuerza Aérea debió a su cercanía con la Ciudad de México (a 217 kilómetros aproximadamente). Asimismo, su ubicación en la parte central del país, facilita el traslado hacia cualquier punto de la geografía mexicana.

Es importante mencionar que para el levantamiento de las nuevas instalaciones se trabaja en colaboración con la Universidad Nacional Aeronáutica en Querétaro (UNAQ) que, a través del Parque Aeroespacial, el primer cluster de este sector en México, ofrecen infraestructura, mano de obra y capacitación profesional. El Parque Aeroespacial, que agrupa a las empresas del sector, es la matriz de operaciones de la corporación canadiense Bombardier Aerospace, de la multinacional francesa Grupo Safran o ITP. Querétaro cuenta con  alrededor de 50 empresas del sector aeronáutico.

La variable principal para la construcción de esta nueva base aérea es la apertura del nuevo aeropuerto de la Ciudad de México, (NAICM) debido a que la base aérea de Santa Lucía interfiere con los radios de aproximación del nuevo aeropuerto de la Ciudad de México.  La pista de Santa Lucía no podrá operar al 100 % debido a la nueva orientación de las pistas N-S en el proyecto del nuevo aeropuerto, lo que da como resultado un  reducido cono de aproximación al nuevo Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México.

Con excepción de los helicópteros, casi la totalidad de las operaciones se estarían mudando al AIQ en un lapso de algunos años, sin embargo, el avance será conforme comiencen a operar en Querétaro, las áreas que actualmente están en la base de Santa Lucía.

Por lo tanto en unos años mas las operaciones de aviones de ala Fija en su mayor parte del Ala de Transporte y Reconocimiento, esto es los transportes como los C-130, los Boeing 737-800, los C-27J y los C-295M y W, los Embraer ERJ-145 y los sucesores de los F-5E/F en el Escuadrón 401, volaran y  realizaran sus operaciones desde Querétaro.

Es así, que es probable que la BAM N° 1, una vez que comience a operar la nueva base, se convierta en un lugar para operar casi exclusivamente  helicópteros lo cual también es conveniente ya que de acuerdo a los planes y programas se planea incorporar un número importante de helicópteros en los siguientes años, convirtiendo a esa base en hogar de varios escuadrones de ala rotativa.

La base Militar de Santa Lucía deberá de ser trasladada antes de la apertura del nuevo aeropuerto, señala el Análisis Costo-Beneficio del proyecto, entregado por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) a la SHCP para solicitar recursos presupuestarios para 2015. El documento señala que, para la elaboración de los estudios de aeronavegabilidad del NAICM, se tomó en cuenta la existencia de otros aeródromos en la región, como esta base aérea y el propio Aeropuerto Internacional de Toluca, con el objetivo de evitar conflictos.

Y es que, de acuerdo con el propio gobierno federal, la operación de dos aeródromos con una separación menor a 18.5 kilómetros no es posible por motivos de seguridad, situación  que fue determinante para desechar el proyecto del aeropuerto en Hidalgo, el cual fue avalado por la pasada administración federal.

A pesar de esto, el gobierno federal señalo que una de las tres pistas con las que arrancará el NAICM será de uso exclusivo para las Fuerzas Armadas, mientras las otras dos servirán a aeronaves comerciales, informó la SCT el 4 de septiembre.

En octubre del 2015, el Gobernador de Querétaro, declaró que había instruido a Secretaría de Desarrollo Urbano y Obras Públicas, para que diseñara un circuito alrededor del aeropuerto, ya que con la llegada de la base se llevarían a cabo adecuaciones en las vialidades. Posteriormente se efectuarían  reuniones del Gobernador, tanto con el Comandante de la Fuerza Aérea Mexicana como con el Secretario de la Defensa Nacional.