En el 2013, Interjet anunció la incorporación a su flota del avión ruso SuperJet 100 (SSJ100) fabricado por la empresa rusa Sukhoi, sin embargo, esta aeronave a la larga se convirtió en un problema para la empresa, ya que, tras revisiones de seguridad, altos costos operativos y una estrategia de negocios que no fue eficaz, la empresa llegó a niveles de apalancamiento por encima del sector que incluían problemas fiscales.

Para el 2015, contaba con 14 unidades de este modelo, cifra que aumentó a 22 al cierre del 2016; junto con equipos Airbus A320, A320neo, A321 y A321neo. Sin embargo, al término de ese año la empresa Sukhoi estuvo en la mira luego de que la Autoridad Aeronáutica de Rusia emitió una directiva de aeronavegabilidad, donde solicitaba a todos los operadores inspeccionar los Superjet 100 como una medida preventiva de seguridad, por lo que en diciembre de ese año Interjet anunció la revisión de sus aviones rusos.

De hecho, en diciembre del 2016  la compañía indicó que sumaban más de tres mil los pasajeros afectados por las fallas detectadas ante el cese de operaciones de los Superjet 100 y que la cifra sería mayor, aunque trabajan para dar pronta respuesta a sus clientes.

En su momento un analista del sector aeronáutico señaló a la entonces agencia Notimex que en su momento Interjet compró las aeronaves al considerar que iban a generar cierta reducción de costos. No obstante, la inversión dedicada a las adecuaciones para volar a nivel local generó mayor costo ya que dentro del sector de aerolíneas, el nivel de apalancamiento en relación deuda neta fue de más de 2.9 veces. “Pese a que ha mostrado un crecimiento en sus ingresos del 5.3 por ciento en los últimos 12 meses, su flujo operativo en este periodo ha caído de 33.2 por ciento, debido a incremento en los costos y gastos operativos, ya que sus aeronaves no son lo suficientemente eficientes como ello lo esperaban”.

En este sentido, precisó que el mantenimiento y condiciones de retorno de la empresa equivale a 8.0 por ciento de sus ingresos, dos veces mayor, por ejemplo, que el reportado por Volaris; “las piezas hechas en Rusia resultaron ser mucho más caras junto con todas esas adecuaciones que se le terminaron haciendo a las aeronaves”.

Un reporte financiero reveló que, en el cuarto trimestre de 2018, los gastos de operación de la empresa se incrementaron 21.2 por ciento, debido al aumento en el precio del combustible y la incorporación de flota que originaron mayores gastos. Asimismo, el reporte de la empresa señalaba que “este incremento en gastos está reflejando el desfase gradual de operaciones de la flota de los aviones SSJ100”.

Al mismo tiempo las operaciones de Interjet se vieron afectadas por el mayor precio en el combustible, una depreciación del peso y porque Volaris y Viva Aerobus abarcaron una mayor participación de mercado. Hasta el 2018, Interjet se posicionó como la tercera aerolínea en el mercado doméstico de México, ya que según datos de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT), alcanzó una participación de mercado de 20.5 por ciento, al transportar a 10.2 millones de pasajeros.  En el segmento internacional, esta compañía aérea logró una cuota de 7.9 por ciento, equivalente a 3.72 millones de personas.

La compañía dejó de operar el 11 de diciembre del 2020 al no pagar el combustible necesario para su operación cotidiana a Aeropuertos y Servicios Auxiliares (ASA) y un mes después, el 8 de enero de 2021, los trabajadores se declararon en huelga por falta de pago. El 30 de agosto de 2022 la empresa fue declarada en concurso mercantil. Se estima que la aerolínea tendría una deuda de 3,000 millones de pesos por falta de pago de IVA, ISR, impuestos aeroportuarios, aprovechamiento del espacio aéreo y migración.